A incorporação e a exclusão de novos medicamentos são atribuições das Secretarias Estadual e Municipal de Saúde, assessoradas pelo Conselho Estadual de Saúde.

A exclusão de medicamentos é de competência da Secretaria Estadual de Saúde de acordo com o boletim epidemiológico de cada estado.

A incorporação, a exclusão e a alteração de novos medicamentos são de competência do Ministério da Saúde.

A elaboração de protocolo clínico ou de diretriz terapêutica é atribuição das respectivas sociedades cientificas de cada especialidade médica.

A incorporação de medicamentos a serem dispensados pelo SUS é feita com base no relatório do gestor estadual de saúde.