A presença de uma nova regurgitação valvar é considerada um critério menor para o diagnóstico.

A presença de vegetação em uma valva cardíaca, febre (maior ou igual a 38ºC), lesões de Janeway, fator reumatoide positivo e duas amostras de hemocultura com Staphylococcus aureus estabelecem um diagnóstico definitivo de endocardite infecciosa.

O ecocardiograma transtorácico (ou transesofágico) pode ser utilizado no diagnóstico, porém não representa uma ferramenta essencial.

A melhora clínica do paciente dentro dos primeiros quatro dias de terapia antimicrobiana é comum e reforça o diagnóstico.

O padrão de apresentação da febre está diretamente relacionado com o diagnóstico.