A Agência tem como finalidade institucional promover a saúde da população exclusivamente através da assistência médica hospitalar, deixando a fiscalização de produtos para o INMETRO (Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e Tecnologia).

A competência normativa da ANVISA é irrestrita, podendo legislar sobre matérias de direito penal e civil quando houver infração sanitária grave envolvida.

Os dirigentes da ANVISA são demissíveis ad nutum (a qualquer momento) pelo Ministro da Saúde, não possuindo mandato fixo para garantir a estabilidade da gestão técnica.

A ANVISA é uma autarquia sob regime especial, vinculada ao Ministério da Saúde, com independência administrativa, estabilidade de seus dirigentes e autonomia financeira.

A ANVISA é uma empresa pública de direito privado, subordinada diretamente à Presidência da República, visando o lucro através da cobrança de taxas de fiscalização.