Lesão endodôntica está associada a elemento dentário e apresenta lâmina dura interrompida, enquanto o cisto residual ocorre em área edêntula com cortical definida.

Lesão endodôntica apresenta radiolucidez homogênea central, enquanto o cisto residual sempre mostra padrão multilocular.

Lesão endodôntica apresenta halo radiopaco definido, enquanto o cisto residual mostra limites difusos.

Lesão endodôntica sempre apresenta formato irregular, enquanto o cisto residual é necessariamente circular.