O GC-MS permite identificar e quantificar agrotóxicos em níveis traço por meio da separação cromatográfica e da detecção apoiada no padrão de fragmentação iônica.

É limitada para a análise de agrotóxicos em águas, pois esses compostos não podem ser ionizados e não são voláteis.

Por ser uma técnica exclusivamente qualitativa, não pode ser usada para quantificar agrotóxicos em níveis traço.

Sempre deve ser utilizado um solvente volátil com alta afinidade na fase estacionária, pois não interfere na separação e na identificação dos analitos, sendo ideal para a análise.

A separação no GC-MS não tem influência no tempo de retenção, dependendo apenas da interação entre os analitos e o detector de massas.