A PCR permite identificar diretamente a sequência nucleotídica completa do fragmento amplificado, dispensando métodos adicionais.

A PCR quantitativa em tempo real (qPCR) é inadequada para monitoramento de doença residual mínima devido à baixa sensibilidade analítica.

A PCR amplifica todo o genoma simultaneamente, sendo indicada para detecção de variantes raras em larga escala.

A PCR é altamente específica, mas pode ser afetada por contaminantes e inibidores presentes na amostra biológica.

A PCR substituiu completamente outras técnicas moleculares em oncogenética clínica.