Em geral, no tecido nervoso lesionado há mais alterações do que no autolisado. Pela simples manipulação, embora cuidadosa, do encéfalo não fixado, sucedem-se alterações marcantes.

Com relação aos astrócitos, estes realizam o controle lipídico do tecido e, por conseguinte, muitas vezes estão tumefeitos pelo intercâmbio momentâneo de líquidos com os vasos sanguíneos.

Os neurônios claros lembram células isquêmicas, mas podem ser diferenciados delas por alguns aspectos: são arroxeados, mais do que vermelhos, e têm o núcleo condensado, com o dendrito apical em forma de sacarolhas.

Aspecto quase sempre observado no encéfalo, após a remoção da caixa craniana, é a existência de microfocos de hidrocefalia. De modo análogo, observam-se hemorragias nas meninges basais do encéfalo e espinhais.

As alterações post mortem processam-se com lentidão no tecido mal perfundido (quando se faz fixação por perfusão), imerso tardiamente no fixador ou com proporção inadequada de fixador com relação à quantidade e espessura do tecido.