A coleta de insetos aquáticos pode ser feita de modo ativo com uma rede entomológica para coleta aquática, também chamada de ‘rapiché’. Esse tipo de rede é eficiente para coleta de adultos de hemípteros e besouros aquáticos, mas é pouco eficiente para formas imaturas, que dependem de armadilhas para serem capturadas.

Nenhum método de coleta é eficiente para amostragem de toda a fauna de insetos aquáticos de uma área, portanto recomenda-se o uso combinado de armadilhas e equipamentos para coleta ativa para a caracterização mais completa do local de estudo.

Adultos das ordens Ephemeroptera, Plecoptera e Trichoptera devem ser preservados em meio líquido (etanol 70-85%) devido à estrutura delicada de seus corpos.

Armadilhas de emergência e criação são utilizadas para a captura de mosquitos adultos e outros insetos aquáticos, principalmente Ephemeroptera, logo após a emergência dos adultos em laboratório.

Belostomatidae e Nepidae são táxons de Hemiptera com associação íntima com corpos d’água. Essas famílias são caracterizadas pela ausência de um sifão respiratório presente no final do corpo.