A obtenção de recursos do FEHIDRO é restrita a órgãos públicos estaduais, não sendo admitidos consórcios intermunicipais ou instituições privadas, mesmo que realizem ações de proteção de recursos hídricos.

Os recursos do FEHIDRO destinados a pessoas jurídicas privadas, com fins lucrativos, podem ser incorporados ao patrimônio dessas entidades sem qualquer limitação, desde que aprovados pelo COFEHIDRO.

Concessionárias de serviços públicos podem acessar recursos do FEHIDRO sem observar critérios de enquadramento nos planos de bacia ou no Plano Estadual de Recursos Hídricos, bastando comprovar a prestação de serviços de saneamento.

Podem habilitar-se à obtenção de recursos do FEHIDRO pessoas jurídicas de direito público e privadas, incluindo concessionárias e entidades sem fins lucrativos, desde que seus projetos estejam enquadrados nos planos das bacias hidrográficas, cumpram requisitos previstos em lei e em regulamento, os recursos repassados a empresas lucrativas não poderão incorporar-se integralmente ao seu patrimônio.

Entidades privadas podem habilitar-se ao FEHIDRO apenas para projetos de Educação Ambiental, independente de atuação no âmbito de recursos hídricos, desde que sem fins lucrativos.