As células-tronco mesenquimais são pouco imunogênicas, tornando seu uso clínico muito interessante nos transplantes alogênicos.

As células-tronco embrionárias são pluripotentes, possuem capacidade proliferativa limitada e não apresentam risco de formação de teratomas quando implantadas in vivo.

As células-tronco derivadas do tecido adiposo apresentam vantagens devido à sua maior abundância, mas são difíceis de cultivar e têm crescimento mais lento.

As células-tronco hematopoiéticas são a principal fontes celular para reconstrução em cirurgia plástica, pois elas possuem alta capacidade de diferenciação para tecidos mesenquimais.

As células-tronco pluripotentes induzidas são derivadas de embriões e representam uma alternativa ética às células-tronco embrionárias, pois não requerem manipulação genética para sua obtenção.