O epitélio juncional forma uma barreira imune primária, sendo constituído por células epiteliais basais, sem interação com os componentes do sistema imunológico do hospedeiro.

O epitélio juncional se adere ao esmalte dentário através de hemidesmossomos, mas não apresenta papel na defesa contra patógenos periodontais, devido à sua alta taxa de turnover celular.

A função principal do epitélio juncional é formar uma interface entre o dente e os tecidos periodontais, permitindo a adesão do tecido gengival ao dente.

O epitélio juncional é composto por várias camadas de células de queratina, tornando-o imune à penetração bacteriana, mesmo em condições de inflamação periodontal grave.