O Método Canguru é dividido em etapas: a primeira começa no pré-natal, com a identificação de gestantes de risco, e continua na Unidade de Terapia Intensiva Neonatal, promovendo vínculo familiar.

Os cuidados ao recém-nascido na unidade neonatal são exclusivos da equipe de enfermagem, e o contato pele a pele com os pais pode iniciar depois de 12 horas de internação.

A segunda etapa do Método Canguru ocorre na Unidade de Cuidados Intermediários Neonatal Canguru (UCINCa), e todas as mães participam dessa etapa, permanecendo em ambiente hospitalar com o filho internado.

A segunda etapa do Método Canguru é indicada quando há estabilidade clínica, nutrição enteral plena e peso mínimo de 1.250 g e contraindicada em casos de uso de medicações por qualquer via.

Todo o acompanhamento na terceira etapa, que se encerra quando o recém-nascido alcança o peso de 2.800 g, é feito pela Unidade Básica de Saúde que acompanhará a criança em domicílio.