A S-ECC (Severe Early Childhood Caries) é definida, em crianças menores de 3 anos, por qualquer sinal de superfície dentária lisa cariada (cavitada ou não), e sua microbiologia envolve alta contagem de Streptococcus mutans e Lactobacillus, além da presença significativa de Candida albicans, que atua sinergicamente aumentando a produção de biofilme e a acidogenicidade.

A CPI severa é causada exclusivamente pela falta de cálcio no leite materno, levando a defeitos estruturais no esmalte que independem da presença de biofilme ou bactérias cariogênicas.

A definição de S-ECC aplica-se apenas a crianças com mais de 5 anos que apresentam mais de 10 dentes cariados, sendo a Prevotella intermedia o patógeno chave associado à necrose pulpar precoce nesses casos.

A principal bactéria envolvida na CPI é o Streptococcus sanguinis, que coloniza a boca da criança antes da erupção dentária e causa desmineralização rápida mesmo em pH neutro.