O ortoftalaldeído é um agente que não requer ativação prévia, possui estabilidade de 14 dias após aberto (ou conforme fabricante) e, diferentemente do glutaraldeído, não fixa sangue ou proteínas nos instrumentais, facilitando a limpeza posterior caso haja resíduos orgânicos microscópicos.

A solução de ortoftalaldeído deve ser monitorada apenas visualmente quanto à turbidez, dispensando o uso de fitas indicadoras de concentração mínima eficaz, uma vez que sua degradação química é nula em temperatura ambiente.

O ortoftalaldeído é corrosivo para metais e danifica as lentes de endoscópios flexíveis após dez ciclos de uso, sendo indicado exclusivamente para materiais de plástico termoestável e borrachas sintéticas.

O ortoftalaldeído exige ativação com solução tamponada antes do uso, o que libera vapores tóxicos irritantes às vias aéreas, tornando obrigatório o uso de capelas de exaustão química durante todo o processo de imersão dos endoscópios.

O tempo de contato necessário para desinfecção de alto nível com ortoftalaldeído é de 45 minutos a 20°C, sendo significativamente superior ao tempo exigido pelo glutaraldeído, o que reduz a rotatividade dos materiais no Centro de Material e Esterilização (CME).