converter o indice em string e usar pivot_table para forçar agregação mensal.

usar rolling('30D').sum() por município para aproximar o mês civil.

df.groupby('municipio').sum().resample ('M') para agregar e depois reagrupar por mês.

df.resample('M').sum().groupby('municipio') para somar e depois agrupar por município.

df.groupby(['municipio', pd.Grouper (freq='M'))).sum() para agrupar por município e mês.