O Supremo Tribunal Federal entende existir no ordenamento jurídico a figura do arquivamento implícito.

O arquivamento indireto ocorre quando o Ministério Público deixa de denunciar um dos corréus, podendo o MP fazê-lo posteriormente, sem que haja a preclusão.

O Supremo Tribunal Federal entende que o arquivamento em razão da atipicidade da conduta faz coisa julgada material, mas na hipótese de ter sido arquivado o inquérito em razão da presença de uma excludente de ilicitude, é possível o desarquivamento, caso sejam encontradas novas provas.

Na hipótese de arquivamento por extinção da punibilidade em razão de morte do agente, caso haja sido declarada em razão de certidão de óbito falsa, não se faz coisa julgada material, sendo isso hipótese legal de suspensão do prazo prescricional.

A decisão de arquivamento proferida em juízo incompetente, permite que seja oferecida outra ação penal no juízo competente, por não fazer qualquer efeito de coisa julgada.