O Pacto pela Gestão estabelece diretrizes para a gestão do sistema nos aspectos da Descentralização; Regionalização; Financiamento; Planejamento; Programação Pactuada e Integrada – PPI; Regulação; Participação e Controle Social; Gestão do Trabalho; e, Educação na Saúde. Segundo o Pacto pela Gestão, o responsável pela proposição de políticas, participação no cofinanciamento, cooperação técnica, avaliação, regulação, controle e fiscalização, além da mediação de conflitos é: