Microbiomas bacterianos são encontrados no sistema digestório de ruminantes, causando doenças gastrointestinais severas nesses animais.

Bactérias podem atuar como agentes de biorremediação, degradando poluentes ambientais, e também são fundamentais na produção de antibióticos.

Bactérias, especialmente aeróbicas, como as do gênero Bacillus e Clostridium, decompõem matéria inorgânica em ambientes aquáticos.

A fixação biológica de carbono por bactérias do gênero Rhizobium beneficia plantas leguminosas.

As bactérias metanogênicas desempenham um papel fundamental no ciclo do nitrogênio, convertendo matéria inorgânica em metano em ambientes anaeróbicos.