É a mais antiga do país, ao lado do Museu Nacional do Rio de Janeiro, criadas em 1818 por Dom João VI no mesmo decreto, O atual Museu de Zoologia fora criado sob a denominação de Museu Imperial e as primeiras contribuições ao acervo da coleção entomológica foram doadas por Assis Chateaubriand, Theodore Roosevelt, Antônio Raposo Tavares e Francisco Ramos de Azevedo.

Surgiu logo após a fundação da Universidade de São Paulo, hoje com 90 anos, ainda como parte do Departamento de Zoologia do Instituto Florestal do Estado de SP., Era, portanto, uma representativa coleção de insetos pragas florestais, depois mudando-se para o bairro do Ipiranga onde ganhou edifício próprio e a denominação Museu de Zoologia em 1969.

Era inicialmente uma coleção da EMBRAPA que foi doada para o Museu Paulista no início do século XX, quando o atual Museu de Zoologia ainda não existia, e posteriormente foi criado o Museu de Zoologia em 1969.

Era inicialmente a coleção particular do zoólogo alemão Hermann von Ihering que, fugindo da Primeira Guerra Mundial, trouxe sua coleção ao Brasil e ajudou a fundar o Museu de Zoologia, tendo sido seu primeiro diretor.

Teve início no final do século XIX como parte do Museu Paulista.,Depois, em 1939, todas as coleções zoológicas foram transferidas para a Secretaria da Agricultura como Departamento de Zoologia, e em 1969 incorporado à Universidade de São Paulo, recebeu a denominação de Museu de Zoologia, mudando-se para o bairro do Ipiranga.