O coração é anatomicamente tetracavitário, apresentando dois átrios e dois ventrículos com separação física completa.

O Forame de Panizza é uma estrutura exclusiva desse grupo que conecta a base dos arcos aórticos direito e esquerdo, permitindo comunicação vascular.

Assim como nos lagartos e serpentes (Squamata), o septo interventricular dos crocodilianos é incompleto, ocorrendo a mistura de sangue venoso e arterial dentro dos ventrículos.

Durante o mergulho (apneia), esses animais conseguem realizar um desvio fisiológico, direcionando parte do sangue venoso para a circulação sistêmica e reduzindo o fluxo pulmonar.

O ventrículo esquerdo bombeia sangue oxigenado prioritariamente para o arco aórtico direito, que irriga a cabeça e o corpo (circulação sistêmica).