A diarreia em pacientes com HIV é mais frequentemente causada por infecções bacterianas após o início da terapia HAART devido a uma recuperação rápida do sistema imunológico.

Antes da era dos antirretrovirais de alta atividade (HAART), a diarreia era uma queixa comum em até 90% dos pacientes com HIV, frequentemente causada por infecções protozoárias. No entanto, com a introdução da HAART, a frequência de diarreia relacionada ao HIV diminuiu e a causa mais comum de diarreia passou a ser medicamentosa (devido à HAART).

O tratamento de primeira linha para infecções por Cryptosporidium parvum em pacientes com HIV consiste no uso de antibióticos de amplo espectro.

A diarreia associada à infecção por Cystoisospora belli pode ser eficazmente tratada com a administração de HAART, mesmo na ausência de outras intervenções terapêuticas.

A terapia com IBPs é recomendada como tratamento específico para a diarreia causada por Cryptosporidium parvum em pacientes com HIV.