O InnoDB é melhor para tabelas fixas como uma tabela de cidades, localizações. O MyISAM é mais rápido para tabelas em constantes mudanças.

O MySQL está mais propício a corrompimento irrecuperável. O InnoDB tenta utilizar as informações do arquivo para solucionar tal problema.

O MyISAM supera o InnoDB em tabelas dinâmicas, e o InnoDB é ótimo para dados estáticos.

O MyISAM é melhor quando a integridade referencial, transações e consistência de dados são cruciais. Ideal para aplicações com escrita frequente. O InnoDB é melhor para tabelas com leitura predominante e que não necessitem de transações complexas.

O MyISAM é melhor para tabelas fixas como uma tabela de cidades, localizações. O InnoDB é mais rápido para tabelas em constantes mudanças.