A PNEEPEI entende a Educação Especial como uma modalidade que perpassa todos os níveis, etapas e modalidades da educação, devendo ser ofertada preferencialmente na rede regular de ensino, em caráter complementar ou suplementar à escolarização dos estudantes público-alvo, por meio do Atendimento Educacional Especializado (AEE).

De acordo com a PNEEPEI, o AEE tem a função de substituir as práticas pedagógicas da sala comum, ofertando currículo diferenciado aos estudantes público-alvo da Educação Especial.

O princípio da inclusão escolar na PNEEPEI está condicionado à adaptação prévia das escolas em termos de acessibilidade arquitetônica, recursos humanos e tecnológicos, sem o qual o ingresso do estudante pode ser adiado.

A política prevê que as instituições especializadas sejam responsáveis exclusivamente pelo atendimento escolar dos estudantes com deficiência múltipla e surdo-cegueira, uma vez que suas demandas ultrapassam a estrutura da escola regular.

A perspectiva inclusiva da política considera que o ingresso e permanência dos estudantes público-alvo depende da avaliação médica e psicopedagógica, que deve atestar o tipo e o grau de deficiência para a matrícula em classes comuns.