O horário da coleta é determinado pela cinética do xenobiótico a ser analisado; em muitos casos, recomenda-se coletar a amostra ao final da jornada de trabalho ou nas 3 h finais da mencionada jornada.

As amostras mais indicadas para a análise de biomarcadores são aquelas coletadas em um período de 24 h, embora, em situações específicas, possam ser usadas amostras spot.

O volume coletado deve ser suficiente para a realização das análises desejadas; um volume aproximado de 15 mL costuma ser suficiente, sendo que, no caso de substâncias voláteis, o volume deve ocupar no máximo metade do frasco.

Após a coleta, os frascos devem ser transportados em caixas térmicas hermeticamente fechadas à temperatura interna de 8 ºC, no máximo.

Os frascos de coleta devem ser de vidro âmbar, a fim de preservar as características originais de biomarcadores fotossensíveis.