Disfunção endócrina são manifestações comuns, podendo ser por infiltração hipotalâmica ou secundária à hidrocefalia.

Alfa-fetoproteína e beta-hCG são marcadores tumorais que devem ser medidos no soro e LCR, e a elevação nesses marcadores é patognomônica de pineoblastoma, sendo melhor tratados com químio e radioterapia.

Ausência de fosfatase alcalina placentária no soro e LCR exclui a presença de tumor de célula germinativa.

Cistos benignos de pineal aparecem como imagens císticas geralmente de até 2cm rodeadas de tecido parenquimal pineal normal, com realce que corresponde à glândula pineal comprimida, podendo mimetizar astrocitoma mas tem uma história natural estática, raramente precisando de tratamento, que ocorre quando causam estenose de aqueduto.

O sintoma incial mais comum é cefaleia por hidrocefalia comunicante, causada pelo aumento de proteínas no LCR e comprometimento da reabsorção deste nas granulações aracnoideas.