O agente desinfetante pode ser tóxico desde que tenha um amplo espectro e que possa ser facilmente inativado pelo calor e pela luz.

O agente desinfetante sempre deve ser derivado do álcool, pois permite uma rápida evaporação evitando a contaminação do meio ambiente.

O melhor agente desinfetante a ser utilizado no laboratório clínico é o hipoclorito de sódio a 0,1% que pode ser facilmente obtido no comércio.

O agente desinfetante ideal é aquele com elevado poder oxidante, o qual pode ser amplamente utilizado no laboratório clínico, inclusive para desinfecção de vidrarias e metais.

O agente desinfetante deve apresentar amplo espectro, ação rápida, não ser afetado ou inativado por fatores ambientais, ser atóxico, de fácil manuseio e não poluente.