Análises genéticas e moleculares sugerem que a resistência aos fármacos utilizados no tratamento da tuberculose é, usualmente, adquirida por alterações no alvo do fármaco como consequência de mutações genéticas. Durante a exposição do M. tuberculosis ao fármaco, existe uma pressão seletiva para mutantes resistentes. Sobre os mecanismos de resistência, sabe-se que: