O órgão central do Sistema é a Secretaria de Orçamento Federal.

Os órgãos regionais são as delegacias regionais de planejamento e orçamento.

Cada ministério tem uma unidade que se constitui como órgão setorial do Sistema.

Os órgãos específicos são aqueles subordinados aos Poderes Legislativo e Judiciário, cujas diretrizes são orientadas pelos mesmos.

As unidades da Administração Indireta adotam orientação específica.