O uso de antibióticos previamente à coleta não compromete o resultado dos exames.

As fezes devem ser coletadas no início ou na fase aguda da doença, quando os patógenos estão usualmente presentes em maior número.

O material deve ser colhido e armazenado em um frasco padrão esterilizado e imediatamente congelado e entregue ao laboratório em, no máximo, 48 horas.

Ao contrário das fezes excretadas no solo, as fezes obtidas de vasos sanitários podem ser aproveitadas.