A etiologia da mialgia mediada centralmente é, como o nome sugere, o sistema nervoso central, e não estruturas normalmente associadas do sistema mastigatório. À medida que o sistema nervoso central se torna exposto, há um estímulo nociceptivo prolongado, as vias do tronco cerebral podem se alterar funcionalmente. Tal fato pode resultar em um defeito antidrômico nos neurônios periféricos aferentes. Segundo Okeson (2013), esse processo é denominado