A PCR digital utiliza um método de amplificação baseado em primers e sondas específicos apenas para detecção de múltiplos alvos simultaneamente em uma única reação.

A PCR digital é mais específica, porém menos sensível do que a PCR em tempo real (qPCR) e, por isso, não é adequada para quantificação precisa de DNA.

Na PCR digital, a amostra é dividida em várias pequenas reações independentes, cada uma contendo uma quantidade muito baixa de alvos, permitindo a contagem direta dos eventos de amplificação.

A PCR digital pode ser mais suscetível a interferências do que a PCR convencional devido ao uso de corantes fluorescentes na reação.

A PCR digital é tipicamente utilizada para detectar mutações genéticas raras em grandes populações de amostras, como em estudos epidemiológicos.