Apesar da grande diversidade dos sistemas agroecológicos, algumas características fundamentais devem distingui-los dos sistemas convencionais. O texto abaixo refere-se à seguinte característica fundamental dos sistemas agroecológicos:

O ambiente homogêneo das monoculturas é propício à proliferação de pragas e doenças. Baseado nessa característica, o sistema torna-se um ambiente favorável para inimigos naturais, além das plantas diversificadas constituírem barreiras físicas à proliferação dos fitopatógenos. Desta forma, nos sistemas agroecológicos de produção, é muito comum práticas como consorciação e rotação de culturas.