O método PEPS (Primeiro que Entra, Primeiro que Sai) é desaconselhado no controle de estoque, pois pode gerar acúmulo de medicamentos próximos ao vencimento, aumentando perdas financeiras.

O controle de estoque não precisa considerar prazos de validade, pois todos os medicamentos mantêm sua eficácia terapêutica mesmo após vencidos, desde que armazenados em local apropriado.

O inventário físico deve ser realizado periodicamente, com conferência entre o estoque real e o registro contábil ou informatizado, permitindo identificar perdas, desvios e vencimentos, sendo fundamental para a gestão segura e eficiente.

O registro de entrada e saída de medicamentos é opcional e serve apenas para produtos sujeitos a controle especial, não havendo necessidade para os demais medicamentos comercializados.

O inventário de medicamentos é realizado apenas uma vez, no momento da abertura do estabelecimento, não sendo necessário repeti-lo, já que os sistemas informatizados garantem automaticamente o controle do estoque.