No processo de rizofiltraçao, o contaminante presente na água, sedimento ou no solo, é filtrado, precipitado, absorvido ou adsorvido pelo sistema radicular da planta. A técnica pode ser aplicada utilizando plantas aéreas ou micrófitas de sistemas radiculares complexos, nos casos em que há alta concentração de contaminantes na água.

A fitoextração consiste na planta remover o contaminante do solo, água e sedimento. Esta técnica é a menos utilizada para a remoção de metais, que são absorvidos pelas raízes e transportados, geralmente, para as partes terrestres se acumulando no caule e nas folhas. Não se faz necessário a retirada dessa planta do ambiente.

A fitoestabilização é usada para plantas que acumulam e estabilizam o contaminante na parte aérea ou nas raízes, com necessidade de retirar a planta do local. Basicamente, ocorre os mecanismos relatados na fitoextração e rizofiltração, com a retirada das plantas do local.

Na fitoestabilização, algumas espécies são utilizadas para imobilizar determinados contaminantes, pela absorção e acumulação nas raízes, por adsorção, precipitação e complexação na zona radicular; podendo reduzir a valência do metal e estabilização física em solos.