A profilaxia primária é recomendada para todos os pacientes com HIV, independentemente da contagem de CD4+.

O diagnóstico definitivo requer sempre biópsia cerebral antes do início do tratamento.

É a causa mais comum de lesões expansivas cerebrais em pacientes com HIV, geralmente associada a CD4+ abaixo de 100 células/mm³, e o tratamento pode ser iniciado empiricamente com sulfadiazina e pirimetamina.

A apresentação de neurotoxoplasmose costuma acontecer com cargas virais elevadas e sem relação com a contagem de CD4.

A contagem de linfócitos T-CD4+ costuma estar acima de 200 células/mm³ no momento da apresentação clínica.