A distinção mais utilizada é o padrão de coloração larvária, pois Aedes apresenta marcações típicas já nessa fase e Anopheles é uniformemente escuro.

Anopheles não possui sifão respiratório desenvolvido e repousa paralela à superfície; Aedes possui sifão e repousa em posição angular, com sifão na interface ar-água.

Anopheles permanece submerso por longos períodos e respira por estruturas branquiais; Aedes respira exclusivamente na superfície e não submerge.

Anopheles possui sifão longo e repousa inclinado; Aedes não possui sifão e repousa paralelo, aproximando-se da superfície apenas para alimentação.

A posição de repouso pode variar com condições do criadouro, por isso, recomenda-se identificar gênero apenas por características microscópicas de rotina, não sendo a observação macroscópica um critério prático.