A Câmara dos Deputados participa da PNCTI por meio de estruturas institucionais, como a Comissão Permanente de Ciência e Tecnologia, Comunicação e Informática.

Todas as agências reguladoras são atores ativos da PNCTI, devido às obrigações de financiamento, impostas a empresas dos setores regulados, oriundas das chamadas cláusulas de pesquisa, desenvolvimento e inovação.

O CNPq é agência ligada ao Ministério da Educação (MEC) e tem como uma das principais atribuições fomentar a pesquisa científica e tecnológica e incentivar a formação de pesquisadores brasileiros.

Conforme a PNCTI, o sistema de ciência, tecnologia e inovação possui atores somente no âmbito federal, excluídos os níveis estaduais e municipais.

Na PNCTI, somente exercem papel como atores as entidades do poder executivo, que efetuam, entre outras atividades, o controle das políticas governamentais.