Para se colorir convenientemente a célula, deve-se recorrer a um método de coloração sucessiva do núcleo e do citoplasma. A combinação mais comum de corantes usada em histologia e histopatologia é a hematoxilina e eosina (HE). Nas células coradas com HE, os ácidos nucléicos presentes no núcleo são corados pela hematoxilina, corante básico, dando ao núcleo um tom: