Em aproximadamente 50% dos casos, não há um comprometimento orgânico significativo, o que dificulta o diagnóstico e, apesar de não colocar o paciente em risco, traz significativo desconforto e piora da qualidade de vida.

O LES pediátrico é normalmente mais leve que o do adulto.

As manifestações mais graves da doença se devem ao comprometimento renal e do sistema nervoso central, principalmente se estiverem associadas à síndrome antifosfolípide.

Pacientes com nefrite proliferativa frequentemente evoluem com síndrome nefrítica aguda, com hematúria, hipertensão e proteinúria.

A prevalência das manifestações neuropsiquiátricas é maior do que a observada na doença em adultos e os sintomas neurológicos costumam aparecer no início da doença, sendo a cefaleia a manifestação mais comum.