As cavernas ocorrem exclusivamente na bacia sedimentar Tucanos, em decorrência da menor resistência das rochas.

A constante erosão dos afluentes do Rio São Francisco próximos à sua foz fazem com que a região norte do estado seja a condição mais favorável ao surgimento de cavernas. De fato, a maior parte se concentra nessa região.

Apesar de ocorrerem muitas cavernas no estado do Sergipe, essas ocorrem em rochas sedimentares e não em rochas calcárias, como no caso das cavernas da Bacia Sedimentar do Paraná.

As cavernas ocorrem principalmente em rochas précambrianas do Supergrupo Canudos, concentrandose sobretudo na região centro-oeste do estado.

Apesar de catalogadas aproximadamente 22 cavernas em todo o estado, estas não têm profundidade ou constituição típicas, portanto são classificadas como “abrigos de rocha” e não reconhecidas como cavernas.