É uma das suas competências julgar as contas prestadas anualmente pelo Presidente da República, com base em parecer prévio que deverá ser elaborado em sessenta dias a contar de seu recebimento.

Compete a ele apreciar, para fins de registro, a legalidade dos atos de admissão de pessoal, na administração direta e indireta, incluídas as nomeações para cargo de provimento em comissão.

No caso de ilegalidade de despesa ou irregularidade de contas, ele poderá aplicar aos responsáveis as sanções previstas em lei, entre outras, multa proporcional ao dano causado ao erário e suspensão dos direitos políticos.

Verificada ilegalidade, cabe a ele assinar prazo para que o órgão ou entidade cumpra a lei, e, se não atendido, sustar a execução do ato impugnado, comunicando a decisão à Câmara dos Deputados e ao Senado Federal.

As decisões do Tribunal de que resulte imputação de débito ou multa serão objeto de cobrança judicial pelo Ministério Público, que poderá requerer a indisponibilidade de bens dos investigados para garantia da dívida.