As crianças imunossuprimidas são mais susceptíveis a infecções de um modo geral, entretanto, raramente são acometidas por bactérias comuns como o Streptococcus pneumoniae, que é um causador de pneumonia da comunidade.

As crianças com anemia falciforme têm predisposição a infecções devido a déficit de opsonização e de função esplênica. Estes indivíduos tornam-se mais susceptíveis a infecções por bactérias não capsuladas, como, por exemplo, a Pseudomonas aeruginosa.

A Neisseria meningitidis é um patógeno que causa a meningite, mas raramente causa infecção em pacientes imunossuprimidos.

Em uma criança com neutropenia febril, os agentes mais comuns são os bacilos Gram negativos (Escherichia coli, Klebsiela sp, Acinetobacter sp e Enterobacter sp), bactérias Gram positivas (Staphylococcus coagulase negativo, Streptococcus viridans e Staphylococcus aureus). Os fungos raramente são agentes etiológicos em neutropênicos, mesmo nos que fazem uso de antibióticos prolongado. Os vírus também podem ser causadores de febre nesses pacientes.

Nas crianças com infecção pelo vírus HIV, os episódios febris mais comumente estão associados a infecções bacterianas, sendo os sítios mais comuns: pneumonia, meningite, infecções urinárias e de partes moles.