A redução da flora autóctone diminui a produção de ácidos graxos de cadeia curta, comprometendo o trofismo e a absorção colônica.

A colite pseudomembranosa por C. difficile manifesta-se tipicamente nas primeiras 48 horas do início da antibioticoterapia.

A diarreia osmótica associada a antibióticos resulta da hipersecreção de eletrólitos pelo epitélio intestinal estimulado por enterotoxinas bacterianas.

O aumento da concentração intraluminal de ácidos biliares conjugados é o principal mecanismo de diarreia induzida por cefalosporinas.

A proliferação de C. difficile decorre da alcalinização do meio colônico provocada pela eliminação de bactérias produtoras de lactato.