A cromatografia separa moléculas com base em sua densidade, enquanto a eletroforese separa com base em sua polaridade.

A eletroforese utiliza colunas para a separação de compostos, enquanto a cromatografia utiliza campos elétricos.

A cromatografia separa moléculas exclusivamente por tamanho, enquanto a eletroforese utiliza a carga molecular.

Ambas as técnicas dependem da solubilidade dos compostos em água para realizar a separação.

A cromatografia separa moléculas com base em interações químicas com uma fase estacionária e móvel, enquanto a eletroforese utiliza um campo elétrico para separar moléculas carregadas.