Os métodos de tratamento, também denominados de métodos de fluidificação e descontaminação, são utilizados para amostras clínicas com microbiota normal associada. Eles são necessários para isolamento de micobactérias em cultura, mas afetam em maior ou menor grau a viabilidade das micobactérias. O método recomendado para amostras paucibacilares e o método recomendado para amostras de escarro contaminadas com Pseudomonas são, respectivamente: