Os aminoglicosídeos são cátions polares e, portanto, são quase que totalmente absorvidos pelo trato gastrintestinal. A absorção da gentamicina por essa via reduz de forma drástica na presença de condições, tais como úlcera ou doença inflamatória intestinal.

Os aminoglicosídeos apresentam pouca atividade contra microrganismos anaeróbicos ou bactérias facultativas sob condições anaeróbicas. A sua ação contra a maioria das bactérias Gram-positivas é limitada e não devem ser usados como agentes isolados no tratamento de infecções causadas por essas bactérias.

A atividade antimicrobiana dos aminoglicosídeos é elevada acentuadamente no ambiente anaeróbico de um abscesso e na urina ácida hiperosmolar.

Em virtude de sua natureza polar, os aminoglicosídeos penetram na maioria das células, no sistema nervoso central e no olho. A exemplo da estreptomicina, ocorre ligação considerável dos aminoglicosídeos à albumina plasmática.

A administração de aminoglicosídeos a mulheres no final da gravidez não ocasiona o acúmulo do fármaco no plasma fetal e no líquido amniótico, sendo seguro e recomendado como opção nas infecções urinárias da gestação.