É responsável primordialmente pela vacinação da população e pelo controle de cobertura vacinal, deixando a fiscalização de alimentos para o Ministério da Agricultura apenas.

Tem como objetivo eliminar, diminuir ou prevenir riscos à saúde e intervir nos problemas sanitários decorrentes do meio ambiente, da produção e circulação de bens e da prestação de serviços de interesse da saúde.

Foca exclusivamente no controle de vetores e animais peçonhentos, como o mosquito Aedes aegypti, não atuando na fiscalização de comércio ou serviços.

Atua apenas dentro dos hospitais públicos, fiscalizando a frequência dos médicos e enfermeiros, sem poder de polícia sobre estabelecimentos privados.