Em Medicina Veterinária o uso de antimicrobianos é feito com finalidades diversas. O médico-veterinário indica, por exemplo, o uso terapêutico ao animal ou rebanho com doença infecciosa, como também o emprego dos antimicrobianos inespecíficos como desinfetantes, para auxiliar na limpeza e na desinfecção das instalações zootécnicas a fim de garantir a sanidade dos animais alojados.

Em relação ao uso dos antimicrobianos em Medicina Veterinária, a utilização metafilática consiste em: