As escolas de ensino regular participam da pesquisa do Inep/Saeb, independentemente da quantidade de alunos, desde que estejam com as documentações em dia.

A participação na avaliação do Saeb envolve os três níveis da educação básica: educação infantil, ensino fundamental e ensino médio.

A pesquisa é aplicada no ensino fundamental em turmas de 2º, 5º e 9º anos para avaliar a aprendizagem nas disciplinas elementares de língua portuguesa, matemática, ciências naturais e ciências humanas.

As turmas de Educação de Jovens e Adultos (EJA), do magistério e multisseriadas também são incluídas na pesquisa.

Alunos da 3ª série do ensino médio não participam da prova do Saeb, apenas do Exame Nacional do Ensino Médio (Enem).