No século XVIII, as excursões de naturalistas estrangeiros para a Amazônia inauguraram uma abordagem científica iluminista na descrição da fauna, da flora, dos nativos e de sua cultura material.

A partir do século XIX, a criação de museus de história natural, como o Museu Real do Rio de Janeiro, o Museu Paraense de Belém e o Museu Paulista, foi decisiva para o desenvolvimento da Arqueologia no país.

Nas primeiras décadas do século XX, a tradição marxista, que influenciou a formação das ciências sociais na América Latina, fundamentou a ciência arqueológica no Brasil, destacando a importância da materialidade histórica.

Na segunda metade do século XX, missões arqueológicas francesas exerceram forte influência na formação científica de uma geração de arqueólogos e no desenvolvimento de métodos científicos mais rigorosos.

No século XXI, o uso de novas tecnologias de campo, como drones para captura de imagens de áreas de difícil acesso, e laboratoriais, como a análise de DNA antigo, tem sido fundamental para obter informações mais precisas.